Los europeos del siglo XVI vivieron esta experiencia como nunca cuando en 1492, Cristóbal Colón descubrió un nuevo continente. América no solo significó la modificación de todos los mapas y las rutas de la época, sino también le significó a los europeos cuestionarse todo lo que creían cierto hasta entonces. Frente a un nuevo continente, aparecía una flora y fauna nunca antes vista, que parecía tomada de una novela de caballerías, y culturas que distaban mucho de todas las que la vieja Europa había visto hasta entonces. Era un Nuevo Mundo: un mundo que había que evangelizar, pero al mismo tiempo descubrir e investigar.
Los jesuitas fueron de los encargados de llevar a cabo de llevar esta doble misión: la de anunciar el Evangelio a los pueblos originarios de América, pero al mismo tiempo de rescatar las formas culturales y de estudiar la conformación del Nuevo Mundo.
Uno de ellos, José de Acosta, español de nacimiento (1540) y un destacado estudiante de la Universidad de Alcalá de Henares, fue pieza clave en el estudio de América, y su trabajo les abrió las puertas a varios científicos posteriores. Durante sus casi diez años de estadía en su casa de estudios (1559-1567), había aprendido Teología Bíblica, Historia, Derecho Canónico, Derecho Civil, Filosofía y Ciencias Naturales, y era considerado uno de los alumnos más brillantes de la Compañía de Jesús.
En 1567 es destinado a Ocaña y Plasencia a dar clases de teología en colegios jesuitas. No obstante, él siempre sintió deseos de llevar la palabra de Dios a lugares lejanos, y solicitó a la Compañía de Jesús participar de las misiones americanas, petición que le fue concedida en 1571.
Cuando llega al virreinato del Perú como parte de la tercera misión jesuita, postulo que los indígenas americanos habrían llegado a dicho continente desde Asia atravesando el estrecho de Bering y adaptándose al medio ambiente. Es la primera explicación de la historia de la ciencia que trata la dispersión geográfica de las especies en relación con su adaptación al medio.
Se dedica de lleno a la enseñanza. Colaboró con el virrey Francisco Álvarez de Toledo en la tarea de refundar la Universidad de San Marcos en Lima, en donde Acosta ocupó la cátedra de Teología.
José de Acosta fue un científico moderno que prefirió ignorar las creencias clásicas de tiempos atrás y basar su método de investigación en datos empíricos, aportando explicaciones razonables a muchos fenómenos naturales.
También fundó varios colegios jesuitas (lo cual le valió varios desencuentros con el virrey).
De Procuranda Indorun Salute son seis libros escritos en latín en 1575 sobre su experiencia evangelizadora y la salvación de los indígenas, en la que, llevando a síntesis madura daba respuestas tanto teológicas, jurídicas como misionales. Fue un importante Manual de Misionología.
También creó el seminario de San Martín en el año 1583. No obstante, sus principales preocupaciones siempre fueron las de evangelizar el nuevo continente y aprender acerca de él.
Durante su estadía en Perú, y luego en México, se dedicó al estudio de su antropología cultural, botánica, zoología, mineralogía y geografía física, analizando las novedades que no tenían parangón en Europa. Observó las costumbres, ritos y creencias de los indios, recogiendo muestras sobre la botánica, la flora, la fauna, las mareas, los vientos alisios, las corrientes marinas, las interrelaciones entre los volcanes y los terremotos, y hasta acertadas observaciones geofísicas sobre las variaciones de la declinación magnética, las plantas sanadoras y las riquezas naturales del nuevo mundo. Fue una gran información que más tarde servirían de base para su obra magna.
En 1582, San Toribio de Mogrovejo convocó un Concilio en Lima, en donde se abordó la necesidad de encontrar nuevas formas para evangelizar a los pueblos aborígenes. Acosta, quien participó de este Concilio bajo su cargo de Provincial de la Compañía de Jesús, se dio a la tarea de elaborar manuales de evangelización para ayudar a los clérigos en esta tarea. Perfecto conocedor de la lengua y costumbres indígenas, redactó un Brevario, un Catecismo y Manuales de Misionero trilingües (en castellano, quechua y aimará).
Sus observaciones y descubrimientos finalmente vieron la luz en 1583 cuando publicó su obra más importante, De Natura Novi Orbis (Historia natural y moral de las Indias), al cual debe su fama de observador sagaz, fue el primer libro impreso en la historia del Perú y fue editada de forma completa en Sevilla en 1590.
Fue de un gran impacto en el mundo científico europeo de la época que lo definieron como “Plinio del Nuevo Mundo”
En esta publicación, además de realizar detalladas descripciones acerca de la flora, fauna, mineralogía y geografía americanas, también elaboraba complejas teorías acerca de la existencia de especies en América que no se encontraban en ningún otro lugar del mundo, las cuales fueron precursoras de la Teoría de la Evolución de Charles Darwin y de la población de América desde Asia, tres siglos antes de ser planteadas.
También en su libro analiza las costumbres de los pueblos indígenas del Nuevo Mundo, y detalla sus cualidades religiosas, políticas, sociales y culturales, entre otras.
De Natura Novi Orbis causó un gran impacto en la sociedad de la época, y mediante el apoyo del rey Felipe II tuvo amplia difusión y fue traducida a varios idiomas.
No obstante, su obra tampoco careció de detractores. José de Acosta fue acusado por ciertos sectores de ser hereje (porque su libro cuestionaba varias teorías naturalistas del pensamiento clásico aristotélico-tomista) y “cristiano nuevo” (esta última acusación infundada por el hecho de que el antropólogo jesuita era descendiente de judíos conversos).
Aunque Acosta sufrió mucho por estas acusaciones, no le impidieron ser reconocido en varios círculos intelectuales, y su libro sería el pilar para nuevas investigaciones en América.
En 1587 regresa a España por problemas de salud, y dedica los últimos años de su vida a la enseñanza y a la difusión de sus descubrimientos. Fue el primer jesuita en la historia en impartir cursos de Teología en la Universidad de Salamanca.
En 1598 es nombrado rector del Colegio de los Jesuitas en Salamanca, cargo en el cual fallece el 15 de febrero de 1600, a la edad de 59 años.
Para ese entonces, su labor ya se hallaba ampliamente difundida, y había sido reivindicado por sus compatriotas frente a las injustas acusaciones. En la actualidad José de Acosta es considerado el padre de la Paleobiogeografía histórica, precursor de la Antropología Cultural Moderna, e incluso hay científicos que lo consideran precursor de la Medicina Astronáutica.
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